Fux' compositions are registered in the following, complementary catalogues:
Ludwig Ritter von Köchel, Johann Josef Fux. Hofkompositor und Hofkapellmeister der Kaiser Leopold I., Josef I. und Karl VI. von 1698 bis 1740, Wien: Alfred Hölder 1872 bzw. Nachdruck Hildesheim/New York: Gerog Olms 1974 (= K) digital copy of BSB München
Andreas Liess, Johann Joseph Fux. Ein steirischer Meister des Barock, Wien: Ludwig Doblinger 1948 (= L)
Hellmut Federhofer „Unbekannte Kirchenmusik von Johann Joseph Fux“, in: Kirchenmusikalisches Jahrbuch 43 (1959), Köln 1960, p. 113–154 (= E: Ergänzung / supplement; Z = Zweifelhaft = doubtful) and
Hellmut Federhofer and Friedrich Wilhelm Riedel, "Quellenkundliche Beiträge zur Johann Joseph Fux-Forschung", in: Archiv für Musikwissenschaft 21, 1964, p. 111–140, appendix ibid., p. 253f. (= E: Ergänzung / supplement)
Thomas Hochradner, "'Donata al Calcante‘. Neue Quellenfunde sowie Nachrichten über verschollene Bestände zu Werken von Johann Joseph Fux“, in: Studien zur Musikwissenschaft 44, Tutzing: Hans Schneider 1995, p. 47–82 (N = Neufund / new finding, NZ: nicht zuzuweisende Kompositionen / compositions not clearly assignable).
Thomas Hochradner is preparing a fundamental new work catalogue. The first volume (containing theoretical and pedagogical works, dramatic works, instrumental works) was published in 2016:
Thomas Hochradner, Thematisches Verzeichnis der Werke von Johann Joseph Fux (? 1660–1741). Völlig überarbeitete Neufassung des Verzeichnisses von Ludwig Ritter von Köchel (1872), vol. 1, Wien: Hollitzer 2016 (= FuxWV).