Fux' Werke sind in folgenden, sich gegenseitig ergänzenden Verzeichnissen erfasst:
Ludwig Ritter von Köchel, Johann Josef Fux. Hofkompositor und Hofkapellmeister der Kaiser Leopold I., Josef I. und Karl VI. von 1698 bis 1740, Wien 1872 bzw. Nachdruck Hildesheim/New York 1974 (= K) Digitalisat der BSB München
Andreas Liess, Johann Joseph Fux. Ein steirischer Meister des Barock, Wien 1948 (= L)
Hellmut Federhofer „Unbekannte Kirchenmusik von Johann Joseph Fux“, in: Kirchenmusikalisches Jahrbuch 43 (1959), Köln 1960, S. 113–154 (= E: Ergänzung; Z: Zweifelhaft) und
Hellmut Federhofer u. Friedrich Wilhelm Riedel, „Quellenkundliche Beiträge zur Johann Joseph Fux-Forschung“, in: Archiv für Musikwissenschaft 21, 1964, S. 111–140, Nachtrag ebd., S. 253f. (= E: Ergänzung)
Thomas Hochradner, „‚Donata al Calcante‘. Neue Quellenfunde sowie Nachrichten über verschollene Bestände zu Werken von Johann Joseph Fux“, in: Studien zur Musikwissenschaft 44, Tutzing 1995, S. 47–82 (N = Neufund, NZ: nicht zuzuweisende Kompositionen).
Eine grundlegende Neufassung des Werkverzeichnisses bereitet Thomas Hochradner vor. Vor kurzem ist der erste Band (musiktheoretische und musikpädagogische Werke, Dramatische Werke, Instrumentalwerke) erschienen:
Thomas Hochradner, Thematisches Verzeichnis der Werke von Johann Joseph Fux (? 1660–1741). Völlig überarbeitete Neufassung des Verzeichnisses von Ludwig Ritter von Köchel (1872), Bd. 1, Wien 2016 (= FuxWV).